本次沉船遗址发掘，陈文哲遵循考古工作规程要求进行，项目实行领队负责制。

在探查了解了遗存分布状况后，以中心凝结物为中心，布置了50个探方。

每个探方4平方米，总发掘面积约370平方米。

发掘直至船体，水深3米余。

所有出水文物，按照探方单位予以编号记录、绘图、摄影。

扰乱层出水的器物，一律按照采集编号处理。

出水文物，必须要专人进行必要的前期清洗处理。

发掘工作中，主要依靠人力搬运作业，辅助了空气负压设备等进行淤沙清理。

扰乱层揭露完成后，发现了船体和南宋瓷器、铁器、朱砂等遗物。

船体上部仍有多处大型的凝结物迭压，经过近50天的工作，绝大部分遗物提取完毕。

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凝结物保持原始状态，发掘现场回填保存。

发现的船体已经被破坏了一部分，残存船体覆盖面积约180平方米。